В 12:18 ч. Терористична бомба избухва в гараж на паркинг на Световния търговски център в Ню Йорк, оставяйки кратер с ширина 60 фута и причинява срутването на няколко стоманобетонни подове в близост до взрива. Въпреки че терористичната бомба не успя да повреди критично основната структура на небостъргачите, шестима души бяха убити, а над 1000 бяха ранени. Самият Световен търговски център претърпя щети от над 500 милиона долара. След нападението властите евакуират 50 000 души от сградите, стотици от които страдат от вдишване на дим. Евакуацията продължи целия следобед.
Градските власти и Федералното бюро за разследване (ФБР) предприеха мащабен поход за заподозрени и до дни бяха арестувани няколко радикални ислямски фундаменталисти. През март 1994 г. Мохамед Саламех, Ахмад Аджай, Нидал Айяд и Махмуд Абухалима бяха осъдени от федералното жури за ролята им в атентата и всеки беше осъден на доживотен затвор. Палестинецът Саламех беше арестуван, когато отиде да извлече депозита от 400 долара, който беше оставил за микробуса под наем Ryder, използван при нападението. Аджай и Айяд, които и двамата изиграха роля в изграждането на бомбата, бяха арестувани скоро след това. Абухалима, който помогна за закупуването и смесването на експлозивите, избяга в Саудитска Арабия, но след две седмици бе хванат в Египет.
Ръководителят на нападението Рамзи Ахмед Юсеф остава на свобода до февруари 1995 г., когато е арестуван в Пакистан. Преди той е бил във Филипините, а в компютъра, който е оставил там, са открити терористични планове, включващи заговор за убийството на папа Йоан Павел II и план за бомбардиране на 15 американски самолета за 48 часа. По време на полета обратно към Съединените щати, Юсеф е признал пред агент на Тайните служби, че е ръководил атаката на Търговския център от самото начало и дори е твърдял, че е поставил предпазителя, който е взривил 1200-килограмовата бомба. Единственото му съжаление, агентът, цитирал Юсеф, е, че 110-етажната кула не се е срутила в близнака си, тъй като е планирана катастрофа, която би довела до хиляди смъртни случаи.
Ияд Исмоил, който закара микробуса Райдър в паркинга под Световния търговски център, беше заловен в Йордания през същата година и отведен обратно в Ню Йорк. Всички замесени мъже са имали връзки с шейх Омар Абдел Рахман, радикален египетски религиозен лидер, който оперира извън град Джърси, Ню Джърси, разположен точно над река Хъдсън от Манхатън. През 1995 г. Рахман и 10 последователи бяха осъдени за заговор за взривяване на централата на ООН и други забележителности в Ню Йорк. Прокурорите твърдят, че нападението на Световния търговски център е част от тази конспирация, въпреки че са представени малко ясни доказателства за това обвинение.
През ноември 1997 г. Юсеф и Исмоил бяха осъдени в съдебна зала само на няколко пресечки от кулите близнаци и впоследствие осъдени на доживотен затвор без възможност за условно освобождаване. Само един друг мъж, за който се смята, че е пряко замесен в атентата, иракчанинът Абдул Рахман Ясин, остава на свобода.
След атентатите през 1998 г. на американските посолства в Кения и Танзания, американските следователи започнаха да подозират, че Юсеф има връзки с саудитския изгнаник Осама бин Ладен, ръководител на анти-САЩ. терористична мрежа на Ал Кайда. Дали бин Ладен наистина е участвал в атаките на Кулата-близнак през 1993 г., не се определя, но на 11 септември 2019 г. две групи терористи от Ал Кайда завършиха работата, започната от Юсеф, разбивайки два отвлечени самолета в северната и южната кула на Световен търговски център.
Структурната стомана на небостъргачите не можеше да издържи на огромната топлина, генерирана от горящото реактивно гориво, и двете се срутиха в рамките на два часа след удара. Близо 3000 души загинаха в Световния търговски център и околностите му, включително потресаващите 343 пожарникари и 23 полицаи, които се мъчеха да завършат евакуацията и да спасят офис работниците, хванати в капан на по-високи етажи. Само шест души в кулите на Световния търговски център оцеляха в момента на срива си. Почти 10 000 други хора са били лекувани от наранявания, много тежки.
