Генералът на Конфедерацията Томас „Стоунъул“ Джаксън превзема Харпърс Фери, Вирджиния (дн. Западна Вирджиния) и около 12 000 войници от Съюза, докато армията на генерал Робърт Е. Ли се движи на север в Мериленд.
Федералният гарнизон вътре в Harpers Ferry беше уязвим за нападение на Конфедерация след нахлуването на Лий в Мериленд през септември. Стратегическият град на река Потомак беше отрязан от останалата част от армията на Съюза. Генерал Джордж Б. Макклелън, командир на армията на Потомак, изпрати s до генерал Union Dixon Miles, командир на гарнизона Harpers Ferry, за да задържи града на всяка цена. МакКелън обеща да помогне, но трябваше да се справи с останалата част от армията на Конфедерацията.
Джаксън прехвърли артилерията си на място и започна да обстрелва града на 14 септември. Янките не са имали боеприпаси и Майлс е оказал малка съпротива, преди да се съгласи да се предаде сутринта на 15 септември. Докато помощта на Майлс, генерал Юлиус Уайт, яздеше към Джексън, за да договори условията за предаване, едно оръдие на конфедерацията продължи да стреля. Майлс е смъртно ранен от последния изстрел, изстрелян в Harpers Ferry.
Янките предадоха 73 артилерийски бройки, 13 000 пушки и около 12 000 мъже на Harpers Ferry. Това беше най-голямата единична капитулация на войната.
Падането на Харпърс Фери убеди Лий да промени плановете си. След като претърпя тежки загуби на 14 септември в Мериленд в битката при Южна планина, на североизток от Harpers Ferry, Лий имаше намерение да събере разпръснатите си войски и да се върне във Вирджиния. Сега, когато Харпърс Фери бе сигурен, той извика Джаксън, за да се присъедини към останалата част от силите му около Шарпсбург, Мериленд. Два дни по-късно, на 17 септември, Лий и МакКелън водят битката при Антиетам.
