След като минават мокра и досадна зима близо до Тихоокеанския бряг, Люис и Кларк с радост се оставят след Форт Клатсоп и се отправят на изток към дома.
Корпусът на Дискавъри пристигна в Тихия океан предишния ноември, като направи трудно преминаване през грапавите Скалисти планини. Зимният им престой от южната страна на река Колумбия, наречена Форт Клатсоп в чест на местните индианци, беше поразен от дъждовно време, крадци на индианци и недостиг на прясно месо. Никой от Корпуса на откриването не съжали, че остави Форт Клатсоп след себе си.
В дните преди заминаването си, капитани Люис и Кларк се подготвиха за последния етап от пътуването си. Люис призна възможността някои бедствия все още да им попречат да се върнат на изток и благоразумно остави списък с имената на всички хора на експедицията с Главен Кобоуей от Клацопс. Люис помоли началника да даде списъка на екипажа на следващия пристигнал търговски кораб, така че светът да научи, че експедицията е стигнала до Тихия океан.
Предишните няколко дни бяха бурни, но на 22 март дъждът започна да слаби. Капитаните се съгласиха да заминат на следващия ден и те направиха раздяла с подарък от Форт Клатсоп и неговите мебели на Главния Кобоуей.
В 1 ч. на този ден през 1806 г. Експедиционният корпус постави началото на река Колумбия в кану. След близо година в пустинята те бяха изчерпали сериозно кеша с доставки, с които експедицията бе започнала на връщане с само кани за барут, някои инструменти, малък кеш със сушена риба и корени и пушките им. Експедицията бе изразходвала почти всички свои доставки.
Отпред се извисяваха високите, грапави склонове на Скалистите планини, които се оказаха толкова трудни за пресичане в другата посока през предходната година. Този път обаче Люис и Кларк имаха предимството да знаят маршрута, по който ще поемат. И все пак знаеха, че проходът ще бъде труден и с тревога искаха да намерят индианците Nez Perce, от чиято помощ ще трябва да прекосят планините.
Следващите месеци ще станат свидетели на някои от най-опасните моменти от пътуването, включително насилствената конфронтация на Луис с индийците Blackfeet близо до река Мариас в Монтана през юли. Независимо от това, седем месеца по-късно на деня, на 23 септември 1806 г., корпусът на Discovery пристига в доковете на Сейнт Луис, където дългият им път е започнал почти две години и половина преди това.
